El área de trabajo del FONCET fue redefinida en el Plan Estratégico 2018-2023 con las siguientes regiones prioritarias:

1. Reserva de la biosfera El Triunfo y su zona de influencia en la Sierra Madre y costa de Chiapas
2. Área de influencia y corredores biológicos con otras Áreas Naturales Protegidas vecinas
3. Cuenca hidrológica del alto y medio Grijalva, Istmo-Costa de Chiapas y Oaxaca, Cuenca alta del Río Usumacinta.